Mit dem vorgesehenen Bau des Zentralen Heizwerkes Markendorf für das Halbleiterwerk erfolgte zum Jahreswechsel der Einbau einer Anschlussweiche im Kilometer 144.54 zwischen den Bahnhöfen Müllrose und Fauler See. Der Endzustand sollte im September 1961 erreicht sein. Dabei wurde der Bahnübergang Posten 107a geschlossen, und am Überweg Posten 107 entstand eine Halbschrankenanlage dessen Aufbau ab 20. Juli 1962 erfolgte. Die Vorabnahme des Anschlusses fand am 13. April 1961 statt. Die Blockbude an der Strecke errichtete man zunächst aus Holz, später wurde sie durch eine aus Beton ersetzt.
Im Anschluss vorhanden waren:
Gleis A1 (Entladegleis am Kohlebunker, Portalkran, 210m),
Gleis A2 (Aschegleis, 210m),
Gleis A4 (Gasabfüllgleis, 60m),
Gleis A5 (Gasabfüllgleis, 45m),
Gleis A6 (Gasabfüllgleis, 45m),
Gleis A7 (Einfahr- und Umfahrgleis),
Gleis A8 (Umfahrgleis),
Gleis A9 (Lokschuppengleis)
Oberbauform: Fng 49
Gesamte Gleislänge der Anschlussgleise: 1732.5m
Weichen: 11
Stärkste Neigung 1:400
Wegen der starken Streckenauslastung (1961 64 Züge tägl. und 1962 61 Züge tägl.) auf der Hauptstrecke Müllrose – Frankfurt/Oder sollte hier im Kilometer 144.54 noch ein Gleisbildstellwerk gebaut werden. Auf Grund nicht vorhandener Gelder wurde das Projekt bis 1965 immer wieder verschoben, und schließlich ganz zu den Akten gelegt.
Mitnutzer der Anschlussbahn:
LPG „Einigkeit“ Markendorf
BMK Ost – Zentraler Lagerplatz Frankfurt/Oder
Geplante Wagenladungen:
Vorhaben NVA-Objekt 7712/05/7488 im Jahr 1987 20-30 Wagen/Monat
Zentrales Heizwerk Markendorf im Jahr 1985 20 Wagen/Tägl.
Zentraler Lagerplatz BMK Ost im Jahr 1981/82 Fertigteile ca. 20 Wagen/Woche und
Schüttgüter ca. 60 Wagen/Woche
Zur Eröffnung der Anschlussbahn war eine eigene Werklokomotive vorhanden.
Daten der Kleinlokomotive:
Zulassung der Lokomotive am 09. Januar 1961 Bahnaufsicht Berlin
Gattung: BN 150 (T211)
Fabriknummer: 4943
Baujahr: 1960
Hersteller: CKD Prag
Gewicht: 22 Tonnen
Achsdruck 11 Tonnen
Werkloknummer: 1
Die Probefahrt der Lokomotive erfolgte am 10. Oktober 1961 mit der Zugnummer Prw 18000/ 18001 zwischen Frankfurt/Oder Pbf – Müllrose – Markendorf und zurück. Dabei wurden 7 Wagen der Bauart GGrhs mit 28 Achsen befördert.
Fahrplan Prw 18000
Frankfurt/Oder Pbf ab 07.57
Blockstelle Afc 08.04
Fauler See 08.19
Müllrose 08.48/09.45
Anschl.Markendorf 10.03
Die Fahrten Müllrose – Markendorf erfolgten als Sperrfahrten, die grundsätzlich zu ziehen waren. Die maximale Anhängelast wurde auf 120 Tonnen festgelegt, die Höchstgeschwindigkeit betrug 30 Km/h.
Der Fahrdienstleiter Müllrose hatte die Schrankenposten 102 und 104 von der Sperrfahrt zu unterrichten.
Die Kleinlokomotive musste monatlich eine Fahrt von der Ausweichanschlussstelle Markendorf nach Frankfurt/Oder zum Bahnbetriebswerk zwecks Überprüfung durchführen.
Auf Antrag des VEB Industriebau Ost vom 04. Januar 1963 stimmte die Bahnaufsicht in Berlin dem vorrübergehenden Transport von Arbeitskräften zwischen Markendorf und Müllrose mit Reisezugwagen zu.
Die erhofften Wagenladungen blieben weit hinter den Planungen zurück. Da das Objekt Heizwerk noch nicht fertig gestellt ist, werden die Bedienungsfahrten 16372
von 04.55 Uhr bis 05.13 Uhr und 16373 von 05.44 Uhr bis 06.02 Uhr gestrichen. Bisher wurden durchschnittlich im Monat 100 Waggon zum Halbleiterwerk überführt. Die Schotteranlieferung für den Gleisbau war zu dem Zeitpunkt bereits zu 80 Prozent abgeschlossen.
Werklokomotive 1 wechselte nach kurzer Beheimatung in Markendorf Ende 1963 zum neuen Besitzer, dem Eko Eisenhüttenstadt.
Die Betriebsführung der Anschlussbahn ging schon im Januar 1964 auf die Deutsche Reichsbahn über. Die Bedienung der Anschlussbahn erfolgte seit dem Abzug der eigenen Werklokomotive mit der dem Bahnhof Müllrose zugeteilten Kö.
Die Kö kann jedoch auf dem Abschnitt Müllrose - Markendorf nur eine Höchstlast von 60 Tonnen befördern.
1979 kommt das Bauvorhaben Zentrales Heizwerk Markendorf auf den Tisch der Staatlichen Bahnaufsicht in Berlin. Gegen den Standort des Heizwerkes bestehen seitens der DR keine Bedenken, jedoch liegen die Schwierigkeiten in der Bedienung der Anschlussbahn.

Neben vereinzelten E-Wagen mit Kohlen wurden überwiegend Gastransportwagen zum Anschluss gebracht und wieder abgeholt. Dies geschah bis zum Abzug der Kleinlokomotive aus Müllrose Anfang 1994. Ab diesem Zeitpunkt wurde die Anschlussbahn nicht mehr bedient. Einige Jahre später wurden die Gleise innerhalb des Geländes abgebaut, lediglich die Anschlussweiche im Hauptgleis und die Flankenschutzweiche blieben bis zum Mai 2010 erhalten. Seit dem 31. Mai 2010 sind auch die Sicherungsanlagen im Stellwerk Müllrose und Fauler See ausgebaut und die
Anschlussbahn Markendorf ist endgültig Geschichte.